oVision
新冠病毒全基因體分析的即時利器
全自動跨片段轉譯組裝、Pango 譜系即時分型、Spike 變異標註、共識與差異序列計算專為新冠病毒 (SARS-CoV-2) 打造的一站式視覺化資訊分析平台
為疫情監測而生的功能
六大核心模組，涵蓋從序列輸入到變異株報告的完整工作流程
全基因體跨片段組裝
針對 SARS-CoV-2 約 30kb 單股 RNA 基因組，自動完成 ORF1ab、Spike、Envelope、Membrane、Nucleocapsid 等 ORF 跨片段轉譯與組裝。
Pango 譜系即時辨識
依據 Pango / WHO 標準命名 (Alpha、Delta、Omicron BA.1/BA.2/BA.5/XBB) 自動分型，並即時更新最新變異株定義。
Spike 變異即時偵測
聚焦受體結合區 (RBD) 與弗林裂解位點 (Furin cleavage site) 的關鍵突變，自動標註 D614G、N501Y、E484K、L452R 等。
免疫逃脫風險評估
內建中和抗體結合表位資料庫，評估變異株對於疫苗誘導免疫反應與單株抗體治療的潛在影響。
GISAID 整合資料管理
支援 FASTA、GISAID metadata、GenBank 等格式，與 GISAID EpiCoV、Nextstrain 平台無縫整合。
時序流行病學儀表板
即時呈現變異株消長趨勢、地區分布、Re 值估算與疫情監測指標。
從原始序列 到全球變異追蹤
CoVision 將 SARS-CoV-2 序列依據標準病毒命名自動完成跨片段組裝，並串聯型別、地區、年份、Pango 譜系等資訊，於統一視覺化平台呈現完整的全球變異株動態。
Spike 三聚體結構， 變異一目瞭然
即時渲染 Spike 三聚體 (S1/S2) 三維結構，動態標註 RBD、N 端結構域 (NTD) 與弗林裂解位點變異，協助評估變異株與 ACE2 受體的結合親和力變化。
變異株辨識， 秒判 Omicron 子系
CoVision 的 Pattern 辨識引擎結合 Pango 規則與機器學習，可在數秒內精準辨識 BA.1、BA.2、BA.5、XBB、JN.1 等 Omicron 子系，並標註特徵突變組合。
簡單 四步驟，即刻開始
從序列匯入到變異株報告，CoVision 讓疫情監測更直覺
上傳序列
支援 FASTA、GISAID、GenBank 批次匯入
自動分型
一鍵 Pango 譜系分類與 Spike 變異偵測
視覺化呈現
互動式時序樹與全球變異株動態圖
匯出報告
產生符合公衛通報規範的監測報告
技術規格
適用於各種疫情監測情境的完整技術棧
輸入格式
- FASTA
- GenBank
- GISAID metadata
- GFF3
- BED
- SAM/BAM
分析引擎
- Pangolin 整合
- Nextclade
- MAFFT 多序列比對
- IQ-TREE 建樹
視覺化
- WebGL 3D 渲染
- D3.js 互動圖表
- 時序系統發生樹
- 全球變異株地圖
平台支援
- Windows 10/11
- macOS 12+
- Linux (Ubuntu 20+)
- Web 版 (即將推出)